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As agressões cometidas pela ação e descasos humanos na lagoa vêm apresentando problemas e alterações ambientais, o desmatamento e queimadas, as retiradas das matas ciliares para plantação de arroz causam erosão e assoreamento do leito do rio Buriti e da Lagoa do Bacuri.

 O desmatamento das ilhas vem mutilando a principal nascente no início da Lagoa que é o rio Buriti, onde tem grande concentração de peixes e alevinos, que são pescados com tapagens e rede de arrastão de malha fina, fora das especificações, depletando as populações das várias espécies de peixes existentes.